Научный отдел образован в 2003 г.
Основными задачами отдела являются организация, планирование, координация и контроль научной деятельности филиала, проведение научных мероприятий, методическое обеспечение научных исследований.

Первым руководителем научного отдела был профессор Белый Юрий Александрович. Он возглавлял отдел с февраля 2003 года по апрель 2016 года в должности заместителя директора по научной работе. За указанный период в филиале разработаны и внедрены в клиническую практику результаты целого ряда научных направлений, включающих новые методы диагностики и лечения детской офтальмопатологии (особое внимание уделяется разработке новых методов оказания офтальмологической помощи недоношенным детям), катаракты, глаукомы, витреоретинальной патологии и других. Отдельную категорию научных исследований филиала составляют экспериментальные. К ним относятся разработки методов фотодинамической и клеточной терапии в офтальмологии, изучение возможностей использования магнитных полей в лечении глазных заболеваний, механизмов электрохимического лизиса в офтальмоонкологии и других.
С июля 2016 г. научным отделом руководит назначенная заместителем директора по научной работе, доктор медицинских наук Трифаненкова Ирина Георгиевна.
На сегодняшний день научный багаж Калужского филиале МНТК включает 5 докторских и 25 кандидатских диссертаций, 8 монографий, 292 патента РФ на изобретение, 1237 научных статей, из них более 260 - в ведущих рецензируемых научных журналах, более 1100 научных докладов на Всероссийских и зарубежных конференциях и конгрессах. Ежегодно выполняются до 10-15 клинических и экспериментальных исследований.

Координаты для связи: Почтовый адрес: 248007 г. Калуга, ул. им. Святослава Фёдорова, д. 5, Калужский филиал ФГАУ «МНТК «Микрохирургия глаза» им. акад. С.Н. Федорова» Минздрава России. Контактный телефон: 8 (4842) 505-767; 8 (4842) 506-912 e-mail: nauka@eye-kaluga.com, nauka2@eye-kaluga.com
Губернатор Владислав Шапша в Калужской клинике МНТК